SD Ngupasan I pada awalnya adalah bagian dari Loji Kebon ( Gedung Agung ) yang digunakan untuk sekolah bagi gadis-gadis Eropa pada tahun 1912. Sekolah itu dikenal dengan nama Iste Europeesche Meisjes School.
Selanjutnya, tahun 1930 sekolah itu dihapus. Gedungnya kemudian digunakan untuk Sekolah Dasar Pertama Ambon atau Iste Europeesche Lagere Ambongsche hingga 1942. Namun, seiring dengan berjalannya waktu, bangunan ini kemudian beralih fungsi menjadi sekolah rakyat dan selanjutnya menjadi SD Ngupasan.
Dalam perkembangannya SD ngupasan dibagi menjadi empat sekolah yaitu SD Ngupasan I, SD Ngupasan II, SD Ngupasan III dan SD Inpres. Masing-masing memiliki kepala sekolah sendiri. SD Ngupasan I terletak pada bagian depan
( bangunan utama ) , SD Ngupasan II terletak pada bagian aula, SD Ngupasan III terletak di lantai atas dan SD Inpres terletak di sebelah timur dan barat bangunan utama. Karena semakin lama murid yang masuk SD Ngupasan semakin berkurang, maka pada tahun 2006 pihak dari masing-masing sekolah dan Pemerintah Kota sepakat untuk menggabungkan empat sekolah tersebut menjadi satu dan dinamakan SD Negeri Ngupasan.
Lahan SD Ngupasan sendiri merupakan hibah dari Keraton Yogyakarta yang kemudian menjadi milik pihak sekolah. Status tanah dengan hak pakai P 17/NPS dan sertifikat tanggal 31 Desember 1988 dengan nomor 13.05.10.01.4.00017.
Kondisi Eksisiting dan Riwayat Pemugaran Bangunan
Secara administrative, SD Ngupasan terletak di Kelurahan Ngupasan, Kecamatan Gondomanan, Yogyakarta dengan letak astronomis 07° 47’ 58” LS - 110° 2’ 53” BT. Lokasinya berada di kawasan Nol Kilometer dan dekat dengan Malioboro, sehingga mudah dijangkau dari jalan utama.
Menurut keterangan dari pihak sekolah, bangunan ini belum pernah mengalami perubahan bentuk bangunan. Yang telah dilakukan selama ini hanyalah beberapa perbaikan teknis yang mendesak seperti pengecatan pada bagian dinding bangunan utama dan pemberian lantai keramik agar lebih kelihatan bagus dan bersih ( agar dinding terhindar dari lumut ).
Beberapa renovasi yang dilakukan terkonsentrasi pada bagian pagar, dinding bangunan dan bagian aula. Pada bagian pagar, dilakukan penggantian pagar yang sebelumnya terbuat dari kayu dengan pagar permanen( semen ). Hal tersebut dilakukan untuk menghindari agar para siswa tidak dapat melompati pagar karena sudah diganti dengan pagar yang permanen dan mempunyai ukuran yang lebih tinggi. Dengan demikian, penggantian ini semata-mata dilakukan demi alas an keamanan para siswa.
Berikutnya pengecatan pada bagian dinding yang disebabkan karena terjadi pengelupasan dan cat yang sudah aus. Pengecatan dilakukan dengan menggunakan warna cat yang sama dengan aslinya. Untuk bagian aula sendiri, renovasi dilakukandengan memasang keramik pada dinding aula dan menganti atap genteng dengan yang baru. Namun secara garis besar, untuk bagian atap tidak mengalami banyak perubahan dan renovasi.
Dalam upaya merenovasi bangunan sendiri pihak sekolah mendapatkan bantuandari Pemerintah berupa Dana Alokasi Khusus ( DAK ). Untuk perbaikan kedepan, pihak sekolah memiliki rencana kerja sama dengan pihak dari Jepang untuk merenovasi bangunan SD Negeri Ngupasan yang pelaksanaannya direncanakan pada tahun 2010.
Berkaitan dengan upaya yang telah dilakukan terkait status bangunan SD Negeri Ngupasan yang termasuk dalam daftar Benda Cagar Budaya, sosialisasi sendiri pernah dilakukan oleh pihak Balai Pelestarian Peninggalan Purbakala ( BP3 ) dan Pemerintah Kota Yogyakarta. Instansi tersebut menurut pihak sekolah telah melakukan penyuluhan terhadap pihak sekolah maupun masyarakat mengenai keberadaan SD Negeri Ngupasan yang statusnya sudah ditetapkan sebagai Benda Cagar Budaya yang harus dilestarikan dan menurut keikutsertaan berbagai pihak, termasuk masyarakat untuk merawat bangunan ini.
Pemerintah sendiri telah memberikan informasi agar dalam merenovasi bangunan SD Negeri Ngupasan jangan sampai merubah bentuk aslinya. Sedangkan sosialisasi yang diberikan mencakup konsep dan cara melakukan pemugaran terhadap Benda Cagar Budaya. Penyuluhan yang diberikan pemerintah tidak hanya untuk pihak sekolah sendiri namun juga untuk pihak siswa dan masyarakat sekitar terkait dengan larangan terhadap segala bentuk tindakan yang berakibat pada rusaknya bangunan tersebut.